经过两年多来的建设，ITER组织机构不断完善。在目前的管理结构中，理事会是最高决策机构，下设管理咨询委员会、科技咨询委员会及财务审计委员会。同时，还专门设置了一些工作组，专门解决知识产权、出口控制、国际组织管理以及下一步示范堆关键技术的测试包层等问题，为理事会决策提供咨询意见。我国的四名理事分别来自科技部、外交部、国防科工局以及国家磁约束聚变专家委员会。
目前ITER组织总共有直接雇员约四百多人，大多数来自ITER计划各成员方。我国目前已有20名管理和技术人员在ITER组织工作。随着工程进展不断深入，我国将推荐更多的管理和技术人员参与ITER组织的工作。
